近10余年来，针对高强度利用下我国土壤退化与农产品质量退化问题，探讨了土壤健康及其对植物健康与人类健康的影响，开发了系列土壤调理剂及其土壤健康调理技术，在江苏、浙江、河北、新疆等省市进行了应用示范试验。该技术体系已获国家发明专利授权20件。
科研项目
1988-2000年，参加有关三峡的国家攻关任务，主要研究土壤脱沼过程与机理，并合著出版了《中国稻田生态系统》、《三峡库首地区土地资源潜力与生态环境建设》等专著。
"十五"期间开展了太湖地区典型污染物在生态系统食物链中的迁移积累状况研究。"十一五"期间承担国家科技支撑计划重点项目课题"无害化有机肥的快速生产技术"、中国科学院创新方向项目"集约化养殖场畜禽粪便的农用风险与污染控制"、"商品有机肥标准化管理体系研究"等，重点研究了我国畜禽粪便等有机肥中重金属和抗生素等兽药的污染状况及其农用的环境风险，研发了系列新型多功能环境修复材料，并建立了特殊工业废水除磷、脱盐、降COD的技术。
"十二五"以来，针对高强度利用下我国土壤退化与农产品质量退化问题，研究建立了以土壤生态系统健康调控为核心的绿色施肥生态调控技术与退化土壤快速恢复的技术体系，正在江苏、浙江、上海、新疆等省市进行应用示范试验。承担国家公益性行业(农业)科研专项经费项目课题"南方设施菜地清洁生产与废弃物循环利用技术集成与示范"、国家农业科技成果转化资金项目"集约化蔬菜生产中的绿色施肥技术应用示范与推广"、中国科学院创新方向项目"营养对连作土壤中病原菌与寄主相互作用的影响及调控"和"典型障碍土壤高效修复剂研发与应用"、中国科学院科技支新项目"土壤和植物调理剂的生产及其对棉花黄萎病的防治"、国家支撑计划课题子课题。
代表论著
至今已经发表论文180余篇(其中SCI、EI论文31篇)，合作出版专著4部。申请PCT国际专利3项，申请国家发明专利45件，已获国家发明专利授权31件，获国家实用新型专利授权14件。
1.Dong YH, et al， Residues of organochlorinated pesticides in eggs of water birds from Tai Lake in China. Environ. Geochem. Health.
2.Jin-qiang Zhang, Yuan-hua Dong, Effect of low-molecular-weight organic acids on the adsorption of norfloxacin in typical variable charge soils of China. Journal of Hazardous Materials.
3.Haiwei Liua, Yuanhua Dong, Yun Liu, Haiyun Wang, Screening of novel low-cost adsorbents from agricultural residues to remove ammonia nitrogen from aqueous solution, Journal of Hazardous Materials.
4.Hui Wang, Qiong An, Yuan-Hua Dong, De-Chen. Li , B. Velde, Contamination and Congener Profiles of Polychlorinated Biphenyls rom different agricultural top soils in a county of the Tailake Region, China, Journal of Hazardous Materials.
5.Ling Zhao, Yuan Hua Dong, Hui Wang, Residues of veterinary antibiotics in manures from feedlot livestock in eight provinces of China, Science of the Total Environment.
6.Guan-yi Huang, Ling Zhao, Yuan-hua Dong, Qin Zhang. Remediation of soils contaminated with polychlorinated biphenyls by microwave-irradiated manganese dioxide. Journal of Hazardous Material.
7.Gao Chen, Ling Zhao, Yuan-hua Dong. Oxidative degradation kinetics and products of chlortetracycline by manganese dioxide. Journal of Hazardous Materials.
8.Liu Yun, Sheng Xia, Dong Yuanhua, Ma Yijie. Removal of high-concentration phosphate by calcite: Effect of sulfate and pH. Desalinatio.
9.Jia-Feng Jiang, Jian-Gang Li , Yuan-Hua Dong, Effect of calcium nutrition on resistance of tomato against bacterial wilt induced by Ralstonia solanacearum, Eur J Plant Patho.
10.Jian-Gang Li, Yuan-Hua Dong, Effect of a rock dust amendment on disease severity of tomato bacterial wilt. Antonie van Leeuwenhoek.
奖励荣誉
1.有机废弃物资源化安全农用技术研究与应用，获江苏省科学技术进步奖二等奖，2012年，个人排名第一。
2.集约化养殖畜禽粪的农用风险与安全利用技术及推广应用，获第七届中国土壤学会科学技术奖一等奖，2012年，个人排名第一。
3.典型区域土壤环境质量状况探查研究，获国家环境保护总局环境保护科学技术奖二等奖，2007年，个人排名第四。
4.高效循环经济型设施渔业水质净化系统关键技术，获江苏省科学技术进步奖三等奖，2006年，个人排名第四。
5.南京市土壤环境质量评价及监测点优化设定研究，获江苏省环境保护科学技术奖三等奖，2010年，个人排名第三。
6.2011年度中国科学院院地合作奖先进个人二等奖
7.2012年度中国产学研合作创新奖个人奖(中国产学研合作促进会)
8.2012年江苏省科协与中共江苏省委农工办联合授予"江苏省兴农富民工程优秀科技专家"。
9.江苏省333高层次人才工程第三层次
10.2010年九三学社中央委员会授予建设65周年优秀社员称号
11.2010年九三学社中央委员会授予2006-2010年社会服务工作先进个人
12.2011年九三学社中央委员会授予2010-2011年度全国参政议政工作先进个人